Cette prescription est un acte médical engageant la responsabilité du médecin et impliquant des devoirs particuliers: articles R. 4127-28 et 50 du code de la santé publique.
Le médecin n'a pas à faire connaître à l'employeur les éléments d'ordre médical motivant l'arrêt de travail. Ces éléments sont transmis au service médical des organismes de sécurité sociale, dérogation légale au secret professionnel confirmée par le conseil constitutionnel, à condition que ces éléments soient acheminés aux médecins-conseils de manière à« assurer la stricte confidentialité de la transmission des informations qu'il contiennent»
Les responsabilités du médecin sont précisées dans l'article R. 4127-8 du code de la santé publique relatif à la « liberté des prescriptions» et dans l'article L. 162-2 du code de la sécurité sociale relatif« à la plus stricte économie compatible avec l'efficacité du traitement».
Le Conseil national de l'Ordre n'a pas manqué de souligner dans un rapport en avril 2000 que, la médecine n'étant pas une science exacte, il s'avère difficile de prédire la durée nécessaire d'un arrêt de travail et que le médecin doit fondre ses décistons « sur les données acquises de la science en faisant appel s'il y a lieu à l'aide de tiers compétents» art. R. 4127-32 du code de la santé publique.
Le médecin doit en toutes circonstances s'interroger, en dehors d'une demande du patient, sur l'intérêt thérapeutique et la justification d'un arrêt de travail de la personne qu'il examine et ceci en dehors de toute considération, notamment les contrôles éventuels des organismes de sécurité sociale.