Le certificat médical établi par le médecin traitant doit indiquer le caractère total ou partiel de l'inaptitude, sa durée qui ne peut excéder l'année scolaire en cours.
En cas d'inaptitude partielle le médecin doit mentionner toutes les indications utiles dans le respect du secret professionnel qui permettront d'adapter la pratique de l'éducation physique aux possibilités de l'élève.
Tout certificat d'inaptitude supérieure à trois mois est obligatoirement adressé au médecin de santé scolaire pour que l'élève concerné soit l'objet d'un suivi particulier en liaison avec le médecin traitant, lequel, avec l'accord des parents ou du représentant légal, a toute latitude pour faire connaître, sous pli confidentiel, son diagnostic au médecin scolaire.

Modèle de certificat d'inaptitude à la pratique de l'éducation physique:

Je soussigné, docteur en médecine, exerçant (Lieu d'exercice)
certifie avoir, en application du décret n 88-977 du 11 octobre 1998, examiné l'élève (nom, prénom)
né(e) le
et constaté, ce jour, que son état de santé entraîne une inaptitude partielle, totale , (à préciser) du ... au .... (préciser)

Date, signature et cachet du médecin

En cas d'inaptitude partielle, et pour permettre une adaptation de l'enseignement aux possibilités de l'élève, préciser en termes d'incapacités fonctionnelles si l'inaptitude est liée:
- à des types de mouvements (amplitude, vitesse, charge, posture ... ) 
- à la capacité à l'effort (intensité, durée ... )
- à des situations d'exercice et d'environnement (travail en hauteur, milieu aquatique, conditions atmosphériques, froid, brouillard, etc .. ).